สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ เป็นส่วนราชการบริหารส่วนภูมิภาค ตามมาตรา ๖๓  แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. ๒๕๓๔ แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ ๘) พ.ศ. ๒๕๕๓  มีหน้าที่เป็นผู้ช่วยเหลือนายอำเภอ และมีอำนาจบังคับบัญชาข้าราชการสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุขในอำเภอ และตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสํานักงานปลัดกระทรวง กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. ๒๕๖๐ ข้อ ๒๑

สํานักงานสาธารณสุขอําเภอ มีอํานาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้ (ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๒๐ มิถุนายน ๒๕๖๐)

(๑) จัดทําแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อําเภอ

(๒) ดําเนินการและให้บริการด้านการแพทย์และการสาธารณสุขในเขตพื้นที่อําเภอ

(๓) กํากับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุข ในเขตพื้นที่อําเภอ เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมาย มีการบริการสุขภาพที่มีคุณภาพและ มีการคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ

(๔) ส่งเสริม สนับสนุน และประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อําเภอ ให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวง

(๕) พัฒนาระบบสารสนเทศ งานสุขศึกษา และการสื่อสารสาธารณะด้านสุขภาพ ในเขตพื้นที่อําเภอ

(๖) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย จากการประชุมคณะกรรมการพัฒนาสาธารณสุขอำเภอ